Это потому, что ваша папка приложения отсутствует в списке папок, которые не были перезаписаны в вашем htaccess-файле.
RewriteCond $1 !^(index.php|images|robots.txt|system|user_guide)
Я бы держал ваши CSS-файлы в корне приложения, а не впапка просмотров.Я бы сделал то же самое с вашими скриптами Java и изображениями тоже.Таким образом, структура вашей папки будет выглядеть примерно так:
root/
application/
assets/
css/
js/
images/
system/
...
Обязательно добавьте папку assets в ваш .htaccess:
RewriteCond $1 !^(index.php|images|robots.txt|system|user_guide|assets)
Тогда вы нене нужно беспокоиться о том, что index.php выполняет маршрутизацию, и вы можете просто загрузить файл CSS следующим образом:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="<?php echo base_url(); ?>assets/css/style.css" />