Из информации . страница на JavaSound :
Интерфейс поставщика услуг
Java Sound API использует интерфейс поставщика услуг для определения кодеров и декодеров для звуковых форматов и типов последовательностей. Таким образом, добавить поддержку нового формата или типа так же просто, как предоставить для него декодер и / или кодировщик, добавить файл SPI в манифест Jar, в котором он находится, а затем добавить Jar в класс времени выполнения путь приложения. ...
Далее цитата с этой страницы:
Возможности звука Java
Возможности API сэмплированного звука можно получить с помощью таких методов, как AudioSystem.getAudioFileTypes()
...
Я думаю, что если вы выполните итерацию массива, возвращенного этим методом, вы обнаружите, что FLAC не указан в списке. Решением является добавление кодера FLAC с использованием SPI.