На тот случай, если вы не знали, что и Apache Ant и Apache Maven - это инструменты, которые существуют для достижения цели, аналогичной той, которую вы пишете (компиляция без IDE).
Оба они имеют встроенную поддержку для генерации Javadoc. Синтаксис Ant выглядит следующим образом:
<!-- publish javadoc -->
<target name="javadoc" description="Creates javadoc for IMP.">
<delete dir="${web-javadoc}"/>
<javadoc sourcepath="${source}"
defaultexcludes="no"
destdir="${web-javadoc}"
author="true"
version="true"
use="true"
windowtitle="IMP: Integrated Mechanisms Program"
overview="${source}/overview.html"
classpathref="debug.classpath"
stylesheetfile="${javadoc-theme}/stylesheet.css"
/>
<copy file="${javadoc-theme}/javadoc.jpg" tofile="${web-javadoc}/javadoc.jpg"/>
</target>
Если вы действительно хотите сгенерировать его самостоятельно, вы должны использовать Doclet API
import com.sun.javadoc.*;
public class ListClass {
public static boolean start(RootDoc root) {
ClassDoc[] classes = root.classes();
for (int i = 0; i < classes.length; ++i) {
System.out.println(classes[i]);
}
return true;
}
}