Не забудьте опцию -binary.Например,
save -binary myfile.mat X Y Z; % save X, Y, and Z matrices to myfile.mat
load myfile.mat; % load X, Y, and Z matrices from myfile.mat
Когда я забыл использовать опцию -binary, моя матрица двойных 80 000 x 402 загружалась более 22 минут.С опцией -binary это заняло менее 2,5 секунд.