Я тоже с этим столкнулся.
Я обновил бета-версию до 4.05, но проблема осталась. Затем я отключил Project Properties -> Mono Android Options -> Use Fast Deployment
(только в режиме отладки), вручную выбрал Deploy Solution, и отладчик волшебным образом подключился и работал правильно.
Не уверен, что было необходимо обновление 4.05, но я подозреваю, что именно быстрое развертывание было причиной его исправления.