Если я скопирую и вставлю ваш код, для меня текст будет выровнен по вертикали в центре ComboBox. Вы уверены, что в вашем приложении не настроен стиль или шаблон, который применяется к вашим элементам управления и делает это возможным?
РЕДАКТИРОВАТЬ: Неважно. На самом деле в моем приложении настроен стиль:
<Style TargetType="{x:Type ComboBox}">
<Setter Property="VerticalContentAlignment" Value="Center" />
</Style>
Так что, когда я скопировал и вставил ваш код, он работал для меня!