Я обнаружил, что лучший способ справиться с этим - установить фиктивный отключенный флажок и скрытое поле, привязанное к модели:
@Html.CheckBox("dummy", new {disabled = "disabled", Checked="true"})
@Html.HiddenFor(model => model.IsCollection)
Таким образом, флажок будет серым и значение по-прежнему отправляется обратно.