Я не знаю много о публикации в части App Store, но в компании, где я работаю каждый раз, когда мы делаем универсальное приложение для клиента, у нас есть только одна цель, один проект и один ipa.
В зависимости от типа устройства (iPad или iPhone) мы загружаем разные файлы и / или перья.Например, если вы выбираете цель, у вас есть универсальная опция для поля Устройства.Выбор этого параметра позволяет указать разные интерфейсы для каждого устройства.Мы загружаем разные модули для каждого устройства или используем общие модули с разными кончиками.