Я не могу придумать идеального решения для этого, но вы могли бы использовать DPAPI ...
это обычно предотвращает дешифрование файла в другой системе, но не защищает данные в конечном итоге, так как пользователь может извлечь дополнительные байты ключа из вашей программы, и поскольку у него есть доступ к ключу компьютера / пользователя, который не будет быть проблемой либо ...
если ваш вопрос больше похож на "где хранить этот последний криптографический ключ, которого нельзя избежать?" ... я бы предложил путь к реестру для каждого пользователя со строгими правами доступа