Вы можете передавать аргументы в функцию plot, используемую парами. E.g.:
Dat <- matrix(exp(rnorm(100,0,2) + rnorm(300)),100,3)
pairs(Dat,log="xy")
Дает вам кучу предупреждений, но, похоже, также работает в том смысле, что вы получаете шкалы журналов.