Если вы не хотите использовать локаль, закомментируйте строку, содержащую
use locale;
Без такой строки sort
в Perl должен вести себя одинаково как в Windows, так и в Unix.
Вы также можете добавить
no locale;
перед sort
(или, лучше, заключить сортировку в блок, начиная с него).