В основном так же, как вы делаете для библиотеки, которая имеет функции jni. Проверка соответствия между кодом Java и jni не выполняется до времени выполнения.
Если вы хотите построить его отдельно, может быть проще всего настроить структуру каталогов, как для проекта ndk, и просто не заполнять какие-либо подкаталоги, кроме jni, - хотя вы не ограничены в этом таким образом.
Если вам нужна плоская структура каталогов, вы можете сделать что-то вроде этого:
cat > Makefile
ndkbuild:
/your/ndk/directory/ndk-build V=1 \
NDK_PROJECT_PATH=. \
APP_BUILD_SCRIPT=./Android.mk
^D
Затем настройте свой Android.mk в этом каталоге.
И тогда вы можете просто набрать 'make'