Учитывая то, что вы мне сказали, я рекомендую сделать следующее:
Шаг 1:
Начать с медленной конфигурации и начать принимать дампы потоков, скажем, каждые 30 секунд, пока сервервверхПроверьте журнал и найдите a) Какие потоки в состоянии RUNNABLE делают b) Если есть заблокированные потоки с подозрительными следами стека, например, имеющие эти com.sun.xml.internal в них.
Вы можете получить дамп потока, отправив команду kill -3
Шаг 2.
Если Шаг 1 не помог, запустите систему под профилировщиком, напримеркак JProfiler при включении записи ЦП и потоков при запуске и посмотрите, есть ли какие-либо явные горячие точки ЦП или блокировки потоков.
Это должно покрыть это.
Надеюсь, это поможет,
Слава Имешев