Я установил node-qunit, используя npm, и, похоже, он работает правильно.
Следующий скрипт просто ничего не делает ... без ошибок, без вывода qunit (даже без неудачных тестовых случаев):
var testrunner = require('qunit');
testrunner.run({
code: '/Users/macuser/Documents/test-input.js',
tests: '/Users/macuser/Documents/test-cases.js'
}, function(report) {
console.log(report);
});