Хорошо, я только что понял это.Несколько дней назад я играл с датой моей системы, чтобы проверить некоторые функции, связанные со временем.Проблема в том, что я редактировал несколько файлов в Qt Creator в то время, поэтому их даты были в будущем.Из-за этого qmake обнаруживал изменения там, где их не было.
Я установил дату файлов на сегодняшнюю дату, и компиляция снова работает.