Насколько я знаю, сертификаты не сохраняются в формате XML, вы должны объединить их самостоятельно.
Это то, что вы хотите?
static void Main(string[] args)
{
X509Certificate2 cer = new X509Certificate2();
cer.Import(@"D:\l.cer");
X509Store store = new X509Store(StoreLocation.CurrentUser);
store.Certificates.Add(cer);
store.Open(OpenFlags.ReadOnly);
X509Certificate2Collection cers = store.Certificates.Find(X509FindType.FindBySubjectName, "My Cert's Subject Name", false);
if (cers.Count>0)
{
cer = cers[0];
};
store.Close();
}