На самом деле, это проблема Eclipse и не относится к вашей конфигурации. Надеюсь это поможет:
«Поскольку схемы Mule не разбиты на несколько файлов схем, эту функцию можно безопасно отключить. В настройках Eclipse перейдите в раздел XML> XML Files> Validation и снимите флажок Honor all местоположения схемы. Теперь файлы конфигурации Mule должны проверяться без ошибок снова ". - Блог MuleSolf.
Для более подробной информации: http://blogs.mulesoft.org/overcoming-xml-validation-errors-in-eclipse-35/