Попробуйте заполнители содержимого для этого.
На главной странице:
<head>
...
<script type="text/javascript">
//master's javascript
</script>
<asp:ContentPlaceHolder ID="JsContent" runat="server" />
...
</head>
на веб-странице контента:
<asp:Content ContentPlaceHolderID="JsContent" runat="server">
<script type="text/javascript">
//page's javascript
//this js block will appear after the master's one
</script>
</asp:Content>