Вот несколько вещей, на которые вы можете взглянуть:
Сколько данных вы переносите, и при передаче это больше похоже на копирование и вставку только данных, или вы вставляете данныеиз вашей базы данных на конечный сервер и затем удалить данные из вашего источника?
Вы можете попробовать проанализировать ваш SQL, чтобы увидеть, есть ли место для оптимизации.
Затем вы можете проверить свой php-кода также посмотреть, есть ли что-нибудь, даже малейшее, которое могло бы помочь в быстром выполнении необходимых задач.
Где расположены исходные и целевые серверы баз данных (с точки зрения сети и географически, если вы знаете,) и как быстро исходный и целевой серверы могут обмениваться данными через сеть / сеть?