если я правильно помню, нужно глобально отключить
MonoAutoApplication отключить
и включите его для желаемых Vhosts
AddHandler моно .aspx .ascx .asax .ashx .config .cs .asmx .axd
В cpanel doc гораздо больше деталей
docs.cpanel.net/twiki/pub/AllDocumentation/TrainingResources/TrainingSlides08/Modmono.pdf
Дайте мне знать:)