У меня есть библиотека объектов, исходный код которых нельзя редактировать, поэтому я не могу их комментировать, есть ли другой способ настроить Jackson Mapper, например, через XML.
Что вы хотите настроить?Часто не нужно ничего настраивать.
Один из способов использовать аннотации без изменения классов значений - это использовать «смешанные аннотации» (см., Например, this )