Это сильно зависит от того, что делают ваши DQL:
Если у вас есть Запрос, который выполняет работу только с одним типом сущности , я предлагаю создать собственный класс репозитория для этой сущности. Класс репозитория уже предоставляет вам методы для find и findAll, так что он хорошо бы там подходил.
Доктрина дает вам orm:generate-repositories
как инструмент CLI. Ральф Шиндлер использовал этот подход, как вы можете видеть в своем репозитории .
Если у вас есть Запрос, который влияет на несколько типов объектов , то Сервисный уровень должен быть лучшим местом для его размещения.