Вы можете добавить что-то вроде этого в конец вашей цели по умолчанию make
(первая цель в make-файле всегда по умолчанию):
install folderA/{file1,file2,file3} folderA/*.foo folderB
Если вы хотите что-то более сложное, взгляните на man install
и man cp
.