Target относится к поддерживаемым платформам, на основе которых вы можете компилировать свои проекты (т. Е. С помощью NAnt вы можете компилировать проекты .NET 3.5, проекты Mono 2.0, проекты Silverlight 2.0 и т. Д.).
Runtime относится к платформам, на которых можно запустить NAnt (например, если у вас установлен .NET 1.0, вы можете запустить NAnt).