Сначала выполните обновление, как вы уже описали:
UPDATE
table SET
table.locationType = 5 WHERE table.locationType = 0 AND table.orderFromEnterprise = 0;
Затем скопируйте все записи и назначьте им 6 в качестве типа местоположения для вставки, не забудьте ограничить записи с помощью locationType = 5, чтобы убедиться, чточто вновь добавленные записи также не копируются (не уверен, что это даже проблема с MySQL, но просто чтобы быть уверенным):
INSERT INTO table
(cityID, stateID, orderEnterpriseID, isDefault, locationType)
SELECT t1.cityID, t1.stateID, t1.orderEnterpriseID, t1.isDefault, 6
FROM table as t1
WHERE t1.locationType = 5
Это не в одном утверждении, но он выполнит работу, если выВы беспокоитесь о несоответствиях, а затем просто оберните транзакцию вокруг двух операций .