Если вы откроете Браузер модели для модели, есть два раздела: Модель и Магазин. Я знаю, что у нас была проблема с удалением объекта из модели, но его определение все равно будет в магазине. В этот момент каждый раз, когда мы обновляли EF, он обновлял определение в магазине, но не регенерировал часть в модели, поэтому казалось бы, что она вообще не была импортирована (в основном это квази-существование, это звучит как вы) застрял в). Убедитесь, что он удален из обоих мест через Visual Studio, а затем повторно обновите его, что должно заставить EF рассматривать его как новый объект и создавать объекты для обоих разделов.
Вторым (и более болезненным) решением было бы открыть файл XML для модели и найти имена сущностей, а затем удалить соответствующие объекты. Это немного сложнее, и, к сожалению, я слишком долго не мог точно дать вам инструкции о том, как не выстрелить себе в ногу.