Начиная с рельсов 3.1 и далее, javascript_include_tag будет искать в конвейере ресурсов только javascripts. Если вы хотите добавить публичные / javascripts в ваш конвейер ресурсов, просто добавьте публичный путь к вашему
Rails.application.config.assets.paths
массив при инициализации приложения RoR, поскольку определяет пути, на которые смотрит конвейер ресурсов.
Так что нет, вы не сделали ничего плохого, используемый вами камень просто устарел и предназначен для рельсов 3.0-. Хотя я рекомендую попробовать переместить javascripts из общей папки в папку assets и посмотреть, работает ли он, потому что это предпочтительный способ поместить javascripts в приложение 3.1.
Другим способом решения вашей проблемы, хотя и не рекомендуется, является полное отключение конвейера ресурсов, если вы его не используете. Это делается путем удаления
config.assets.enabled = true
в вашем config / application.rb
Если вы хотите узнать больше о конвейере активов, у Railscasts есть видео об этом
http://railscasts.com/episodes/279-understanding-the-asset-pipeline