Вот пример, который будет центрировать окно по вертикали в выбранном вами div: http://jsfiddle.net/BcY7B/
Я не уверен, что это полностью решит то, что вы ищете.Имейте в виду, что нет никакого способа центрировать окно на элементе div, который находится слишком высоко или далеко вниз для центрирования по вертикали (поскольку страница заканчивается, поэтому она не может прокручиваться дальше, чтобы отцентрировать ее).Вы можете обойти это, изменив необходимую высоту страницы, но я очень сомневаюсь, что это даст вам эффект, который вы ищете.