Это скорее функциональная или организационная проблема, чем техническая. Ни один инструмент не будет автоматически угадывать, как переносить данные из одной схемы в другую. Вам лучше узнать, как написать хранимую процедуру для переноса ваших данных.
Возможно, вам потребуется отключить ограничения, создать временную таблицу и столбцы, скопировать много данных, а затем удалить временные таблицы и столбцы и повторно включить ограничения, чтобы перенести ваши данные.
Находясь в режиме обслуживания, каждая новая функция, которая изменяет схему, должна также поставляться со сценарием, позволяющим мигрировать из текущей схемы и данных в производстве в новую.