Spring поддерживает развертывание прокси-объекта ComboPooledDataSource. Если вы используете JdbcTemplate, вы можете установить для свойства nativeJdbcExtractor соответствующий объект. Таким образом, любое место, где вы можете получить нативное соединение или даже любой из производных объектов (например, ResultSet), будет нативным.
JavaDoc для интерфейса NativeJdbcExtractor для списка поддерживаемых классов. Это может помочь вам решить, какая реализация работает для вашего приложения.