У меня была такая же проблема, и оказалось, что это проблема групповой собственности.Из ранее использовавшегося доступа по ssh, я имел право владения группой для репозиториев для внутренней группы разработчиков, а не для git.После того, как я запустил:
chown -R git:git /home/git/repositories
Все репозитории обнаружились с файлом conf, используя: