Вы можете изменить браузер, связанный с Flash Builder, в окне настроек Flash Builder. Это в разделе Общие -> Веб-браузер. Это устанавливает веб-браузер по умолчанию для всех элементов, запущенных из FB. Я не знаю, как сделать это для каждого проекта, но это должно решить вашу непосредственную проблему. Кстати, это на FB 4.5, но я верю, что то же самое относится и к предыдущим версиям.