Лучше вместе!
Но темы не являются заменой CSS или не созданы для эквивалентной цели CSS. Его цель - определить различные темы в вашем приложении и изменить их одной строкой. Темы могут включать файлы CSS, файлы изображений и скины.
С помощью скинов вы можете определять стили для элементов управления asp.net, поэтому оно включает в себя комплексное и полное решение. Например, вы можете определить вид сетки и определить его стиль и атрибуты. Вы можете определить это для всего приложения.
Значит, вы, я думаю, лучше вместе, но не равнозначно сравнению.