Ваш php-демон по умолчанию не будет иметь права на запись в папку с именем /upload
(/ является корневым каталогом) . Для работы этой команды необходимо сделать запись в эту папку доступной.
Однако, сказав это, безусловно, эта проблема возникает из-за ошибки в вашем коде, и вы не работаете в текущем каталоге. Я предполагаю, что ваш код должен читать ...
if(mkdir($thisdir . "/upload/" . $newdir, 0777))
В этом случае все должно работать нормально.