$('a').each(function(){
this.href = 'http://myNewDomain.com/' + Base64Encode(this.href);
});
Или что-то в этом роде ...
Не, jQuery метод:
var anchors = document.getElementsByTagName('a');
for (var a = 0; a < anchors.length; a++){
anchors[a].href = 'http://myNewDomain.com/' + Base64Encode(anchors[a].href);
}