Вместо EnableDefaultBundles вы пробовали это?
BundleTable.Bundles.RegisterTemplateBundles();
Кроме того, я не думаю, что вы должны использовать @ Url.Content. У меня есть это, и это работает:
<link href="@System.Web.Optimization.BundleTable.Bundles.ResolveBundleUrl("~/Content/css")" rel="stylesheet" type="text/css" />