Нет, это невозможно, причина в том, что doxygen нужно разобрать документ в соответствии с некоторой грамматикой.Поскольку m4 - это макропроцессор общего назначения, он может обрабатывать текстовые файлы любого типа и вообще не ограничен определенной грамматикой.Даже если бы все ваши файлы m4 были на самом деле C, doxygen нужно было бы проанализировать гибрид m4 и C, чего он не может.Doxygen ограничен поддерживаемыми языками, как указано в документации по Doxygen.