Вам просто нужно удалить связи с публикациями 1, 2 и 3 и создать связь с публикацией x:
# `a` being an instance of the Article object, pub{1,2,3,x}, being
# instances of Publication objects
a.publications.remove(pub1)
a.publications.remove(pub2)
a.publications.remove(pub3)
a.publications.add(pubx)
Хороший пример того, как это сделать, можно найти в документах django .