Почему бы не попробовать просто создать частичное представление, содержащее весь необходимый вам javascript и css, и просто отобразить это частичное представление в макете? Я не думаю, что вам нужны разделы, чтобы сделать это. Смысл в разделах состоит в том, чтобы сообщать полному представлению, что они могут иметь определенные разделы только для них и что частичные представления не заставят их выглядеть как угодно.
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>@ViewBag.Title</title>
@Html.Partial("_HeaderLinksAndScripts")
</head>
<body>
<div class="page">
<div id="header">
<div id="title">
<h1>My MVC Application</h1>
</div>
<div id="logindisplay">
@Html.Partial("_LogOnPartial")
</div>
<div id="menucontainer">
@Html.Partial("_MenuPartial")
</div>
</div>
<div id="main">
@RenderBody()
</div>
<div id="footer">
this is a footer
</div>
</div>
@Html.Partial("_FooterScripts")
</body>
</html>
Просто поместите CSS и javascript для всего сайта в соответствующие частичные представления.