Да, это обычный сценарий. Просто разверните Hibernate (и все его зависимости) либо глобально в Glassfish, либо как часть вашего приложения.
Затем реализуйте свое приложение, используя Hibernate в качестве библиотеки.
Следующий вопрос, который вы должны рассмотреть, заключается в том, хотите ли вы использовать JPA и Hibernate в качестве поставщика JPA или использовать Hibernate plain.
Другой вопрос, если вы хотите использовать EJB и Entity Beans. Если да, я бы рекомендовал использовать JPA.
Если вы не используете EJB Entity Beans, вы можете использовать JPA или обычный Hibernate для сохранения ваших POJO.