Если вы довольны написанием некоторого кода для этого (и не полагаетесь на команды оболочки), вы можете изменить текущий метод FsShell.copyMergeToLocal (что и вызывает hadoop fs -getmerge), чтобы включить пользовательский файлстрока разделителя (в вашем случае "\ n \ n"):
void copyMergeToLocal(String srcf, Path dst, String fileSeparatorString) throws IOException {
Path srcPath = new Path(srcf);
FileSystem srcFs = srcPath.getFileSystem(getConf());
Path [] srcs = FileUtil.stat2Paths(srcFs.globStatus(srcPath),
srcPath);
for(int i=0; i<srcs.length; i++) {
FileUtil.copyMerge(srcFs, srcs[i],
FileSystem.getLocal(getConf()), dst, false,
getConf(), fileSeparatorString);
}
}