Утилита jar командной строки имеет свою собственную страницу руководства (man jar
в приглашении терминала, чтобы увидеть ее.) Вам нужно обязательно сообщить ей о файле MANIFEST.MF, если он есть, чтобы он обрабатывался правильно.
Кроме того, jar-файлы - это просто (обычно несжатые) файлы PKZIP, а Mac OS X поставляется с zip-клиентом. Просто как-то так будет хорошо:
zip -r0 filename.jar dir1 dir2 dir3
где dir1, dir2, dir3 - каталоги, которые вы хотите сжать и которые находятся на верхнем уровне файла jar.