С макушки головы (и далеко не до конца) ...
Используйте AntiForgeryToken во всех формах для защиты от XSRF. Используйте модульные тесты, чтобы убедиться, что все действия контроллера, которые принимают POSTS, снабжены атрибутом ValidateAntiForgeryToken.
Используйте расширения HtmlHelper везде, где можно воспользоваться преимуществами автоматической кодировки HTML.
Используйте ORM с параметризованными запросами для всего доступа к БД - не только для MVC, но все еще актуально.
Будьте ограничены в тех HTTP-глаголах, которые вы принимаете, до минимально необходимого. Используйте DELETE (vi AJAX) или POST для удаления действий.
Используйте AuthorizeAttribute или его атрибут для защиты непубличных действий.
Не отображать идентификаторы / пароли пользователей в URL, которые могут быть кэшированы (т. Е. Входить в систему через форму POST, а не GET url). Как всегда, используйте SSL для передачи конфиденциальных данных.