Я не знаю, как встроить Tomcat, но вы можете встроить контейнер сервлета в ваше приложение, используя встроенный Jetty . Если вы хотите добавить HTTP-интерфейс к существующему серверу, я думаю, что это путь.
Это также должно быть вполне работоспособным для запуска прослушивающих TCP-компонентов вашего сервера из стандартного сервлета в Tomcat. Затем сервлет может напрямую вызывать методы в существующем приложении, в то время как он продолжает прослушивать свои обычные порты TCP.
Третий вариант - написать сервлет, который просто общается с вашим существующим сервером так же, как другие клиенты.