<Directory Id="CommonAppDataFolder" Name="CommonAppData">
<!-- your subdir structure here -->
</Directory>
Используйте свойство CommonAppDataFolder, чтобы получить ссылку на текущий каталог (в зависимости от ОС), а затем вложите элементы Directory вместе с элементами Component и CreateFolder, чтобы создать каталог.
Также ознакомьтесь с правами доступа к папке по умолчанию для этой части файловой системы и сравните их с вашими ожиданиями.