Со стороны безопасности нет разницы между хранением чистых байтов и хранением их в кодировке Base64.
Если вы храните чистые байты, убедитесь, что вы выбрали правильный тип данных (например, двоичный), а не символ один) для вашего столбца.Если вы храните base64, вы можете использовать символьный столбец с кодировкой US-ASCII.
Преимущество Base64 в том, что человек может легче просматривать данные и видеть, совпадают ли они с некоторыми другими, но этооб этом - вы можете легко сделать кодировку и после запроса данных.