Если вы распечатаете размеры после jDesktopPane1.add (frame), вы, вероятно, увидите изменение в размере. Я бы предположил, что установка панели рабочего стола в размер внутреннего фрейма - плохая практика - я бы подумал, что он должен оставаться размером клиентской области родительского JFrame, в котором находится панель рабочего стола (фрейм, где вы вызываете setContentPane ( jDesktopPane1)), и просто оставьте внутреннюю рамку где-то внутри нее естественно.
Что может происходить, так это то, что установка одинакового размера панели и внутреннего элемента может заставить внешний вид предполагать, что вы имеете в виду «развернутый», и поэтому при правильном разрешении размера панели рабочего стола делает что-то странное с внутренней рамкой.
Попробуйте , а не , вызывая setSize () / setPreferredSize () на панели рабочего стола, и посмотрите, будет ли он работать одинаково для всех L & F. Возможно, тогда вы сможете выяснить, что лучше всего делать с внутренним фреймом, если его размер по умолчанию не соответствует желаемому.