IDEA всегда обновляла мои файлы проекта без проблем, но я не думаю, что они обратно совместимы. Если вы хотите поддерживать обратную совместимость, храните только файлы проектов IDEA 6 в системе управления версиями и сохраняйте файлы проектов IDEA 8 только локально.
Еще одна возможность - вообще не хранить файлы проекта IDEA в системе управления версиями. Используйте Maven или что-то еще для управления зависимостями проекта. После IDEA 7 стало возможным импортировать проект Maven в IDEA. (И я рекомендую обновить с 6 до как минимум 7 только для повышения производительности, которое оно дает, не говоря уже о других новых функциях.)