Если проект создается, то вы не удалили их, вы, вероятно, перетянули их в другую группу [по ошибке:)
Откройте все остальные группы и вы можете увидеть папку Classes в качестве подпапки,Просто перетащите его обратно.
NB Перейдите в «Сборка» -> «Очистить все цели» и затем создайте его снова.Если он собирается без ошибок, мой ответ, вероятно, правильный.Если он не работает, то я абсолютно неправ:)