Я не фанат проверки конфигурации проекта, тем более что netbeans и eclipse имеют приличную интеграцию ant и maven.
Если вы создаете свой проект в виде maven или ant, netbeans должен иметь возможность импортировать проект независимо от вашей операционной системы, и вам следует избегать любых трудностей, которые могут возникнуть. Вам также будет легко делиться с другими студентами (если вы работаете в команде), которые могут захотеть использовать eclipse или intellij.